Музей истории Алтайской духовной миссии расположен в здании Архиерейского дома (в резиденции бывшего начальника Алтайской духовной миссии), построенном в 1888 г. На третьем этаже здания размещалась домовая однопрестольная церковь Святителя Димитрия Ростовского. Здание было построено на средства бийских благотворителей.

Во второй половине XIX – начале XX веков Бийск был центром Алтайской духовной миссии. В эпоху расцвета центр миссии – Бийское архиерейское подворье, представлял собой внушительный набор зданий, парков и водоемов. Многие здания сохранились и сегодня.

Музей истории Алтайской духовной миссии основан 28 января 2008 года. В фондах музея порядка 10 тысяч экспонатов. Самым древним является одна из первопечатных книг Руси – «Октоих» изданная в Москве в 1618 году. Среди уникальных собраний музея следует назвать коллекции православных икон, медного православного литья, старопечатных православных книг, нательных крестов и многого другого.