ФГБУ ГПЗ «Дагестанский» организован в 1987 году Постановлением Совета Министров РСФСР от 9 января 1987 г. № 6 на двух участках – «Кизлярский залив» и «Сарыкумские барханы».

Общая площадь заповедника – 19061 га, в том числе  участок «Кизлярский залив» – 18 485 га и участок «Сарыкумские барханы» – 576 га. На прилегающих заповедным участкам землях и водном пространстве созданы охранные зоны с ограниченным режимом пользования, общей площадью 21065 га, в том числе в Кизлярском заливе – 19890 га, и на бархане Сарыкум – 1175 га.

В 2009 году приказами Министерства природных ресурсов и экологии России все три федеральных заказника, расположенных на территории республики Дагестан (Аграханский, Самурский и Тляратинский) были переданы в состав ГПЗ «Дагестанский» в том же статусе.

На участках ГПЗ «Дагестанский» и прилегающих к ним территориях зарегистрировано 43 вида млекопитающих, более 250 видов птиц, 23 вида пресмыкающихся, 4 вида земноводных, 70 видов и подвидов рыб, 1 вид круглоротых.

Флора двух участков заповедника насчитывает более 500 видов высших растений. В Кизлярском заливе и его окрестностях отмечено 186 видов, а на участке «Сарыкумские барханы» – более 320 видов.