Музей учрежден 1 сентября 1999 г., открытие музея состоялось 6 ноября 2000 г.

Фонд музея насчитывает 28 900 единиц основного и вспомогательного хранения. Часть экспонатов представлены на постоянно действующих выставках в «Зале древностей» и в «Зале боевой славы». Большую часть экспонатов «Зала древностей» составляют находки Бейской экспедиции.

Уникальной коллекцией музея является клад, найденный на дачном участке жителем города Г. М. Пыриным и переданный в дар музею. Он состоит из более 200 бронзовых предметов.

В музее имеется коллекция горных пород и минералов, основу которой составляют геологические материалы, собранные горным инженером-геологом В. В. Митрофановым.