На сегодняшний день музей занимает 257, 2 кв. м., имеет четыре зала общей площадью 177,38 кв. м., фондохранилище и административно-хозяйственные помещения. Основной фонд музея насчитывает более 3 000 единиц хранения.

Выделены следующие коллекции: естественно-научная, фалеристическая, нумизматическая, этнографическая, письменные источники, полиграфическая и печатная продукция, символика, документы, фотодокументы и разное.

Ежегодно Вилючинский краеведческий музей принимает около 10 000 посетителей – местных жителей: от дошкольников до людей старшего поколения; военнослужащих: от новобранцев до офицеров запаса; гостей из разных городов и поселков России.