Национальный музей имени А.В. Анохина является старейшим учреждением Республики Алтай. Его история начинается 29 октября 1918 года с приобретения Алтайской Земской управой палеонтологических, минералогических коллекций, научной библиотеки и архива у сибирских ученых Гуляевых. Одним из его первых организаторов и директоров был исследователь традиционной культуры народов Южной Сибири А.В.Анохин (1869-1931), имя которого с 1989 года носит музей.

Число экспонатов основного фонда составляет более 66 тысяч единиц хранения. Это уникальные коллекции по палеонтологии, этнографии, произведения изобразительного и декоративно-прикладного искусства, старопечатные и рукописные книги XVII – XX вв., документы, фотографии по истории Горного Алтая XIX – XX вв., образцы флоры и фауны, минералогическая коллекция.

В структуре Национального музея имеются 4 филиала: Краеведческий музей имени И.В. Шодоева в с. Усть-Кан Усть-Канского района; Музей казахов Алтая в с. Жана-Аул Кош-Агачского района; Музей-усадьба Г.И. Чорос-Гуркина в с. Анос Чемальского района; Музей алтайского сказителя Н.У. Улагашева в с. Паспаул Чойского района.

В головном музее имеются отделы: истории, природы, художественный, экскурсионно-массовый и фондов, научная библиотека с читальным залом. В 2008-2012 гг. проведена реконструкция здания и новых пристроек, которые в настоящее время полностью соответствуют современным требованиям безопасности и сохранности музейных предметов и музейных коллекций. Экспозиция охватывает естественный, исторический и археолого-этнографический аспекты развития региона. Хронологические рамки – период от нескольких сотен миллионов лет назад до современности