История краеведческого музея началась в 1987 году, когда была организована секция краеведов во главе с В. Н. Климушиным – первым хранителем музея. В начальные годы своего существования секция краеведов ставила главной задачей сбор экспонатов для будущего музея. Основу коллекций составили частные пожертвования краеведов и коллекционеров: Папешина В. Н., Ольховского Э. С., Сидорова Ю. И., Дубинченко К. П., Южаковой Л. М. и др.

Через публикации в местной газете «Родина», выступления по радио чудовские краеведы стремились привлечь к комплектованию коллекций общественность. За 5 лет была создана основа, необходимая для открытия музея, и 9 мая 1993 года в одном из залов городского Дома культуры «Светоч» состоялось открытие первой музейной экспозиции по краеведению.

Экспозицию сформировали из подлинных предметов быта, фотографий, документов, материалов, раскрывающих историю Чудовского края конца XIX – начала XX века, событий, происходивших на территории Чудовского района в годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. На протяжении нескольких лет музей являлся отделом краеведения Дома культуры и лишь в 2001 году получил статус юридического лица и наименование Муниципальное учреждение «Чудовский краеведческий музей» (ныне – Муниципальное бюджетное учреждение «Чудовский краеведческий музей».

В настоящее время основной и научно-вспомогательный фонды музея насчитывают более 10 тыс. единиц хранения. Уникальную часть фонда составляют коллекция изделий стекольного завода «Восстание», личный архив профессора А. А. Любищева (1890–1972). Фонды музея ежегодно пополняются новыми экспонатами, которые поступают от жителей г. Чудово и Чудовского района, Санкт-Петербурга, Москвы, Ульяновска и др.

В 2012 году постановлением администрации Чудовского муниципального района (№ 38 от 18.01.2012 г.) МБУ «Чудовский краеведческий музей» передано в оперативное управление, нежилое 2-этажное здание общей площадью 294,8 кв. м по адресу: г. Чудово, ул. Некрасова, д. 20-а. В 2018 здание изъято из оперативного управления. Музей по-прежнему располагается в Доме культуры «Светоч». Работники музея на временно арендованных площадях в районной библиотеке, Школе искусств им. В. С. Серовой, художественной галерее устраивают передвижные тематические выставки.